燉肉時肉和肉蔻的比例一般建議爲1:5，即1斤肉5克肉蔻，一般一顆肉蔻的重量在約2克左右。
此外在燉肉時肉蔻不宜太早放進去，因爲肉蔻中所含的揮發油久燉之後會損失，所以最好在肉5成熟時再放入，味道和藥效都保全了。
1、 在中餐烹飪中常將其與其他香辛料混合用於煮、滷、燒、燙等菜式當中。肉豆蔻可直接用於制滷水，也可去脂後加工成粉末使用。
2、因爲荷蘭東印度公司的關係，這種香料也傳到歐洲地區，不論是搭配馬鈴薯或豌豆、球芽甘藍、花椰菜等蔬菜都很協調。
3、肉豆蔻也是香料熱紅酒、熱蘋果酒、聖誕蛋酒的關鍵原料，經典的蘇格蘭菜肉餡羊肚 (haggis) 沒有它也不行，此外肉豆蔻也是法國傳統白醬的重要成分。
4、而來到意大利，肉蔻則出現在麪餃 (tortellini) 裡，美國人則喜歡用在南瓜派中，或直接磨碎撒在烤奶油南瓜上。
5、肉豆蔻是馬來西亞檳城料理的重要角色，在星馬兩地都廣受喜愛，好比馬來知名的剉冰 ais kacang 就少不了肉豆蔻，不管鹹食或甜點都會用上果實與乾皮，是東南亞料理的主要風味來源。
