如果是燉湯肉豆蔻可以整個放進去，如果是滷製食品或者紅燒類的建議打碎後再放入，將打碎的肉蔻用油炸一下即可去除藥味又能增加香味。
不過需要注意的是肉蔻具有一定的麻醉作用，人服肉豆蔻粉7.5克可引起眩暈，甚至譫語、昏睡，大量可致死亡，因此在使用肉蔻的時候一定要把握好用量。
1、在中餐烹飪中常將其與其他香辛料混合用於煮、滷、燒、燙等菜式當中。肉豆蔻可直接用於制滷水，也可去脂後加工成粉末使用。
2、西餐烹飪中，肉豆蔻粉被廣泛用於清湯、少司、牛羊肉、魚類、蔬菜、香腸、肉餡等菜餚的增香;亦可製作水果布丁、巧克力、餅乾、麪包、蛋糕、冰淇淋等糕點、甜品，甚至可作爲某些種類的雞尾酒的常用賦味料，同時還是配製咖喱粉不可缺少的配料。
