目前大多數的速溶咖啡中都含有植脂末，它的主要組成物質是氫化植物油、葡萄糖漿、酷朊酸鈉、乳化劑等。氫化植物油中含有較多的反式脂肪酸物質，因此長期喝速溶咖啡可能會增加患高血脂等心腦血管疾病的患病概率。
很多的速溶咖啡爲了口感更好會添加大量的糖，18g的咖啡裏有10.4g是糖。喝兩杯下去就吃掉了20多克的糖，佔了一天推薦糖攝取量的23%以上，所以說長期喝下去並且不控制其它添加糖的攝取的話，會增加齲齒、肥胖、糖尿病、痛風等疾病的患病概率。
速溶咖啡的可致癌物質“丙烯酰胺 ”含量是現煮咖啡的百倍以上，丙烯酰胺屬於2A類致癌物，而且速溶咖啡的咖啡豆大多數以中度烘焙爲主，在加工的過程中，有可能丙烯酰胺還沒有散盡，就磨粉包裝了，所以丙烯酰胺的含量可能更高。
