防彈咖啡飲食會促進脂肪分解，產生大量酮體。這些酮體必須從腎臟排出，過多可能造成腎臟過度負擔。酮體在體內堆積則會造成血液酸性增加、鉀離子流失、電解質失衡，也就是所謂的「酮酸中毒」。常見的症狀包括脫水、嘔吐、噁心，嚴重的話甚至可能影響腦部功能，並造成腎衰竭、昏迷，進而危及生命。
防彈飲食每日碳水化合物的攝取量約30公克，因爲碳水化合物攝取不足，人體只好將塬本囤積在體內的脂肪取出進行分解，燃燒脂肪後的代謝物就是酮體。
血液中酮體濃度增加，會促使身體細胞中的鉀離子和血中的氫離子進行交換，形成高血鉀、身體偏微酸。高血鉀容易誘發心律不整;體內細胞氫離子過高、身體偏酸，人體爲平衡酸礆度，會促使呼吸加快，增加二氧化碳的排放，同時讓氫離子儘快從腎臟排出，增加腎臟的負荷量。
防彈咖啡飲食攝取的油脂增加，會造成腸胃排空減慢，容易出現消化道症狀，像是消化不良、腹瀉、便祕、胃食道逆流等等。根據統計，吃生酮飲食的人，30%有便祕問題。
防彈咖啡中的奶油(牛油)、椰子油都含大量的飽和脂肪酸、膽固醇，會促使人體血液內膽固醇、叄酸甘油脂濃度增加，提高心血管疾病的風險。
正常人一天要攝取150公克以上的全穀類碳水化合物來維持健康，而防彈開啡飲食法在高油、高蛋白質、低醣飲食的減肥模式下，反而會造成蔬果、糙米等五穀雜糧類的攝取減少，短期內體重雖然減輕了，但長期下來，不但容易快速復胖，身體也搞壞了。
