猴頭菇的根具有一些苦味，若是在烹飪時沒將其去除乾淨，就可能導致其烹飪的菜品帶有苦味。尤其是乾的猴頭菇，其在制過程中爲了保證其營養成分的不過多流失，往往會保留其根，很多人烹飪時就會忘記去根。
猴頭菇對生長環境要求較高，若在生長期長時間的下雨，猴頭菇的子實體就會變紅，這樣的烹飪的菜品就會帶有苦味，並且這種苦味不能清除，只能做到輕微的減少。
另外，以松樹木屑爲原料生長的猴頭菇，味道也會相對苦些。
猴頭髮苦跟品種也有關係，比如長白山小刺猴頭極苦，但恰恰苦味成分藥效極高，是著名中成藥“胃樂新”的主要原料。
猴頭菇保存不當損壞變質了，也可能會導致其菜品發苦，這樣的猴頭菇同時還帶有毒性成分，不適合食用，應扔掉。
1、用清水先將猴頭菇表面的贓物洗淨，除去根蒂(苦味的根源之一)放入盆內，加入30°-40°的溫水(用淘米水更好)浸泡3.5-4小時，直至用手捏猴頭菇無硬疙瘩時即可。
2、將泡發的猴頭菇撈出，用手擠出猴頭菇的黃水，然後，再放一盆清水泡發15分鐘左右，再擠出黃水，如此反覆2-3次即可(可以用手指輕輕蘸一點猴頭菇表面的水放在舌尖，感覺不出苦澀爲好);
3、將蒸籠燒開，放入猴頭菇大火10分鐘，再小火蒸1個半小時，也可先放入沸水加蓋煮10分鐘，再用小火慢慢燜煮1個半小時，直至將猴頭菇軟爛爲止。
