1、腸胃問題
魚油可能會造成噁心、拉肚子、稀糞、食慾減退、便祕、嘔吐、脂肪糞等情況。若符合這些症狀的魚油食用者，試着減少魚油劑量、並勿於空腹時攝取魚油，伴用餐時吞下可減低此症狀。
2、毒化維他命
長期服用高劑量的魚油，可能會造成體內維他命E的缺乏，使維他命A跟D在體內的毒性大於益處。
3、精神問題
有稀少的病例顯示魚油可能會引發人的躁鬱症、憂鬱症。也有出現煩躁不安、蟻爬症(Formication，心因性疾病，患者會感覺不存在的螞蟻在皮膚上爬動)的臨牀病例。
4、其他可能副作用
包括短期記憶力下降、頭痛、溶血性貧血、身心症，嚴重至結腸癌、鼻咽炎、嚴重氣喘都可能是過量攝取魚油的後果!故有氣喘、結腸癌、腸胃問題病例的患者，服用魚油前，更需多加小心。
1、對海鮮敏感者要小心服用
2、低血壓或服用降血壓藥者小心服用
3、魚油有血液稀釋效果，因此不可與阿斯匹靈併用，有凝血障礙患者(如血友病)不宜，手術前後3週要避免使用，可能導至出血時間延長。
4、不能和鈣片一起服用，鈣離子與脂肪酸易產生皂化，不利吸收。
5、可能導致腸胃不適，包括打嗝，腹瀉、胃酸逆流。
6、不喜歡魚油味可在飯前服用。
7、魚油可以和月見草油合併使用(魚油1-2克，月見草油2-3克)能使Omega-3 及Omega-6兩種脂肪酸達到良好的平衡。
8、魚油中的多元不飽和脂肪酸容易氧化，添加生素E可保持魚油營養的穩定性。吃魚和魚油時可補充維生素E膠囊，或多吃腰果富含維生素E食物。
