南瓜子中含有大量的油脂，平時吃太多，攝入的油脂過沒消耗，就會變成脂肪積聚在人體內，從而導致身體發胖。所以，平時應應該控制吃南瓜子的量，正常人一次不應超過50克。消化不好和本身易胖體質的人，則最好不要吃。
南瓜子是一種熱性食物，且它多少炒制食用，這樣食用就更容易因熱上火，出現口乾舌燥、流鼻血的現象。
南瓜子通常都是炒熟之後吃的，食物中的鹽含量和熱量都很高。如果人們吃太多就會導致胃熱，可能出現許多不良症狀，如噁心和嘔吐，嚴重的情況下會引起頭暈和昏厥，這對於自身的健康危害很大。
南瓜子吃多了可能會中毒，會傷害人體的肝臟，導致肝功能下降，可能誘發多種肝病的出現，可能出現肝炎，或者肝內脂肪堆積出現脂肪肝。肝臟負責人體的排毒，影響自己身體的循環排泄，出現這種情況對於健康造成不利影響。
