一般情況下在適當劑量狀況下服用深海魚油(每天3克或更少)是安全的。
曾被報導的可能副作用或不良反應有：胃酸逆流、胃脹氣、打嗝、消化不良、頭暈、頭痛、口臭、胃灼熱、噁心、稀便、手腳無力、呼吸困難、吞嚥困難、皮疹、流鼻血、尿液呈紅色或深褐色、胸腔緊迫感、臉部腫脹、盜汗
1、腸胃問題
魚油可能會造成噁心、拉肚子、稀糞、食慾減煺、便祕、嘔吐、脂肪糞等情況。若符合這些症狀的魚油食用者，試着減少魚油劑量、並勿於空腹時攝取魚油，伴用餐時吞下可減低此症狀。
2、毒化維他命
長期服用高劑量的魚油，可能會造成體內維他命E的缺乏，使維他命A跟D在體內的毒性大於益處。
3、精神問題
有稀少的病例顯示魚油可能會引發人的躁鬱症、憂鬱症。也有出現煩躁不安、蟻爬症(Formication，心因性疾病，患者會感覺不存在的螞蟻在皮膚上爬動)的臨牀病例。
1、每天使用超過 3 克Omega-3可能會使凝血時間延長。
2、使用降低免疫系統活性的藥物者 (例如器官移植患者) ，只有在醫療監督下，才能使用高劑量的魚油。
3、高劑量魚油會引起的副作用包括打飽嗝、口臭、胃灼熱、噁心、稀便，皮疹和流鼻血。將魚油補充劑隨餐使用可以減少這些副作用。
4、因魚油也有降血糖的功效，當糖尿病的患者有在使用降血糖的藥物時，同時想使用高劑量的魚油時，需要詢問醫師使用，否則將可能會造成低血糖。
5、魚油有降低血壓作用，但高血壓的患者且目前在使用降血壓藥物治療的人，需要詢問醫師使用，避免造成低血壓的狀況。
6、雖然魚油已經過精製，照理說不含有蛋白質，但曾對魚類或海鮮過敏的人請小心使用。
1、勿與避孕藥合併使用，可能會影響魚油降低三酸甘油脂的效力，相關藥物成分有：ethinyl estradiol(乙炔雌二醇)、levonorgestrel(左炔諾孕酮)、norethindrone(炔諾酮)
2、 勿與減肥藥Orlistat(奧利司他)合併使用，可能會影響魚油吸收效率
3、 魚油具有血液稀釋效果(blood thinning)，因此凝血障礙患者(如血友病)或手術前3週請避免使用
4、 勿與抗凝血或抗血小板藥物合併使用，可能會增加瘀傷或出血風險，相關藥物名有：naproxen(奈普生)、dalteparin(達替肝素)、diclofenac(雙氯芬酸鈉)、ibuprofen(布洛芬)、enoxaparin(依諾肝素)、heparin(肝素)、warfarin(華法林)、Aspirin(阿司匹林)、clopidogrel(氯吡格雷)
