若是想近期就食用，應放冷藏室保存，若是食用時間不確定，可能很長，則應用密封性良好的自封袋封好，放冰箱冷凍保存。
除了放冰箱保存外，瑤柱還可在密封好後放在乾燥陰涼通風處保存。
瑤柱是幹海鮮，這種水分含量低，保存時間較長，放冰箱冷藏或冷凍室保存的好的，保質期可達1年甚至更長。
有些瑤柱因不夠乾爽，所以購買後應立即放入冰箱中保存。而已經開袋了的瑤柱，因失去密封功能，應先把剩餘的乾貝放入密實袋中，再放入電冰箱。
瑤柱放久了表面會出現一層白色的物質，這並不是發黴或變質了的表現，是可以繼續食用的。
瑤柱上的白色物質其實是鹽霜。因爲瑤柱是由貝類海產加工製成，存放一段時間後，裏面的鹽分會滲透出表面，從而結成一層薄薄的鹽霜，而並非黴菌，這種情況多出現在味道較香濃的瑤柱上，是可繼續食用的。
而味道較清甜的瑤柱存放一段時間後，一般不會出現鹽霜，但顏色也會由金黃色變成深黃色，甚至近乎土黃色。
