由於奇亞籽有含豐富的 Omega-3 (脂肪酸)，而 Omega-3 有稀釋血液作用，因此服用血液稀釋藥的人要留意它的副作用。
有很多心臟病患者在手術後也會長期服用抗凝血劑來維持心血管暢順，避免血管堵塞，而這些病患者應諮詢醫生意見後方可食用奇亞籽，一起食用可能會增加出血風險，奇亞籽副作用可大可小!
加拿大 St. Michael’s Hospital 醫院的報告指出，奇亞籽有降血壓的功效，同時有可能加強降血壓藥的效果，所以有血壓問題的人吃奇亞籽時必須特別小心，儘量避免食用。
奇亞籽屬於高纖食品，成分其中約1/4纖維是水溶性，另外3/4是不溶性。水溶性纖維能爲腸臟的益生菌提供能源，而不溶性纖維由於不能被消化，能達到幫助大腸蠕動的作用。對腸胃功能好的人而言，奇亞籽能幫助腸道蠕動，可是對腸胃功能較差的人來說，奇亞籽會與腸臟益生菌產生氣體，造成腹脹。
奇亞籽是芡歐鼠尾草的種籽，並且含豐富蛋白質，假如對芝麻、薄荷或芥菜籽過敏，那就千萬不能吃 奇亞籽 ，因爲它們都是來自同一個草本家族的。一旦過敏，很可能會造成舌頭腫脹!
由於奇亞籽含有α-亞麻酸，有研究指出，大量服食α-亞麻酸可能會增加患上前列腺癌的機率，因此屬前列腺癌高風險的人士應儘量避免大量服食奇亞籽。
