8歲以下孩童對咖啡因代謝較速度慢，吃了含咖啡因的巧克力，可能會過度亢奮晚上不易入睡。此外，黑巧克力所含的脂肪及糖分，並不是孩童生長髮育的必要來源，吃多了容易肥胖。
造成胃灼熱感的主要原因是酸性的食糜、胃液等刺激性物質從胃逆流到食道。
研究發現，有些食物會讓食道和胃之間，負責把關工作的賁門變得鬆弛，失去阻隔食物逆流的功能，而巧克力正是其中之一。
另有研究指出，巧克力含有至少4種容易引起賁門鬆弛的物質，包括咖啡因、可可礆、茶礆及脂肪。再者，巧克力添加的糖屬於精製糖類，吃進胃裡會刺激大量胃酸分泌，誘發胃食道逆流症狀，因此，長期有胃灼熱困擾、胃食道逆流的人，還是儘量遠離巧克力。
巧克力中的咖啡因會經由胎盤及母乳傳給胎兒、嬰兒，懷孕或哺乳的媽媽若攝取超過300毫克咖啡因，會影響胎兒或嬰兒腦部發育，要特別留意。
容易頭痛的人
巧克力雖然滋味迷人，不過它內含的酪胺卻是引人頭疼的罪魁禍首。下次頭疼又犯，除了找個方法放鬆心情外，最好少吃各種巧克力製品(包括巧克力冰淇淋、布丁、餅乾等)，其他如含酒精飲料(特別是紅酒)、乾乳酪、醃薰的豬肉、魚肉及加了酵母的麪包、蛋糕，也最好少吃。
其實黑巧克力的熱量並不低。其中的可可脂仍有脂肪，而1公克的脂肪可產生9卡熱量，因此，反而可可脂含量越高，也就是越純的黑巧克力，熱量相對也高，不建議三高患者及肥胖者食用，一般民衆如果吃黑巧克力，每天不應超過30克，以避免吃進過多熱量。
