平時清潔水瓶最簡易直接的方法是用暖水，再加洗潔精。
1、加幾滴洗潔精和暖水
2、蓋上瓶蓋
3、搖動水瓶約1分鐘，直至肥皂水流經整個水瓶。配合軟毛牙刷或刷子刷洗，以去除污漬。留意不要過分用力拭擦，以免樽身受損。
4、風乾。不要放在潮溼的環境以免滋生細菌，因此清洗後要保持乾燥。不要用抹手布拭乾，布上可能會有細菌滋生，污染水瓶，若要拭乾，可以用紙巾代替。
家中其中一種常見的材料是蘇打粉，蘇打粉加熱水也可以達到殺菌的效果。若有茶漬或咖啡漬時，也可以用蘇打粉除污。
1、加入數茶匙蘇打粉，再加入熱水
2、大力搖水瓶
3、待15分鐘
4、用熱水沖洗，用軟毛刷子刷去污潰
5、風乾
若想提高消毒的效果，可以用醋，醋本身天然也無毒，它的酸性可以殺死某些細菌，但注意它不能殺死流感病毒。另外，醋也可去除異味。
1、以洗潔精和熱水清洗水瓶
2、把白醋倒入水瓶中，約爲水瓶容量的5分之1，再注入熱水至瓶滿。
3、待10-15分鐘，若想加強效果，可以待過夜後再清洗。
4、用熱水徹底沖洗直至沒有氣味，難以清洗的位置可以用上刷子。
5、風乾。
如水樽內有異味或黏黏的，可以用低濃度雙氧水如3%(過氧化氫，英：Hydrogen peroxide)以達到殺菌消毒的效果。
1、用水和洗潔精清洗
2、用熱水沖洗
3、注入4分之1杯雙氧水到瓶中
4、蓋上瓶蓋，用力搖水瓶
5、倒出雙氧水，以清水沖洗。
6、風乾。
1、把蘇打粉或醋加入1碗熱水中
2、把蓋浸入溶液中待2-3小時
3、用熱水和洗潔精沖洗，利用細長毛刷清潔難以清洗的部分
4、待風乾
注意鋁和不銹鋼製的水瓶不可過份用力刷，以免表面塗層被磨蝕。
