往電熱盤倒入米醋或檸檬酸，消毒鍋不要通電，浸泡約半個小時，水垢就會消除了。
如還有水垢，可用百潔布拭擦。
清潔時爲了保證消毒鍋的乾淨，最好使用純淨水，千萬不要將整機泡在水中清潔，以免損壞機器。
消毒鍋使用一段時間後，不鏽鋼電熱盤一般會有水垢，水垢過厚會影響消毒鍋的正常工作。表現爲消毒鍋工作幾分鐘就自動關機，打開鍋蓋檢查，電熱盤內的水沒有完全蒸發。所以要定時清理水垢。
清理注意事項
1、對於寶寶的哺餵用品，消毒是日常必做的，因爲寶寶抵抗力低下，如果不經過處理會產生細菌，再次使用會對寶寶的腸道產生不良影響，甚至造成腹瀉。
2、奶瓶洗乾淨之後一定要消毒。而奶瓶消毒器/鍋的好處就在於省時省心又安全，消毒比較徹底。
3、建議不要買紫外線消毒器，因爲紫外線輻照能量低，穿透力弱，僅能殺滅直接照射到的微生物，因此，無法保證奶嘴內壁、奶瓶內壁等光線照射盲區的消毒效果。此外，燈管會老化或紫外線發射效率偏低，一般用戶不具備檢測紫外線強度的手段，無法保證消毒效果。
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