椰子油中含有一定數量的脂肪和膽固醇，適量食用不會對身體造成不良影響，但長期大量吃，身體吸收過多的膽固醇，就容易讓血液中膽固醇數量增加，導致心血管疾病，有增加心血管疾病和中風的風險，嚴重的會加重人體心臟負擔，誘發心臟病。
椰子油是會引起過敏的，所以過敏體質的人不宜吃，以免出現流鼻涕，嘴巴發癢，皮疹和蕁麻疹等過敏反應，嚴重的甚至會導致過敏性休克。
椰子油中維生素的含量比較低，而且它含有的一些成分還能抑制人體對維生素c的吸收，時間長了以後會導致人體吸收維生素c不足，時間一長就會影響到身體免疫力。
椰子油是一種性質微寒的食材，食用後會對腸胃產生刺激，會讓人類的胃腸粘膜受到一定的不良影響，使得其消化功能減弱，嚴重時還會讓食用者出現腹痛、腹瀉以及噁心嘔吐等多種不良症狀。
