用甲硝唑來治療痘痘是非常傳統的手法，主要是控制炎症。如果說是粉刺，甚至是大的囊腫，單純的使用甲硝唑外用是效果不好的。這時候小的粉刺就刷果酸，或者用阿達帕林之類的維甲酸類的藥物點塗，效果比較好。大的結節和囊腫可以配合光動力，單針射頻，口服異維A，口服抗炎藥等的治療方式來治療，不能夠單純地依靠甲硝唑來塗抹。對於小片狀的脂溢性皮炎，好發在鼻翼兩側的眉毛中間的紅斑，塗塗甲硝唑會有明顯的抑菌作用，從而達到治療的效果。
以上的使用方法以及藥品等都需要在醫生指導下使用，切勿自行使用。
甲硝唑可以用於痤瘡的治療，痤瘡爲毛囊皮脂腺的慢性炎症，其發生和避免微生物的感染有密切關係。
常見的病原微生物是痤瘡丙酸桿菌以及金黃色葡萄球菌。甲硝唑是常見的用於皮膚厭氧菌感染引起的皮膚感染性疾病，痤瘡丙酸桿菌也屬於皮膚的厭氧菌，所以甲硝唑可以用於痤瘡。需要指出的是有條件的建議進行病原微生物的藥物敏感試驗來確定適合用的抗生素。
痤瘡發生是兩方面的因素：一是病原微生物的感染;二是和局部的炎症反應有密切關係。所以甲硝唑用於痤瘡，也有上述兩方面的治療作用基底。需要指出的是痤瘡除上述兩方面因素外，還和局部的角質形成細胞角化異常有密切關係。所以臨牀也常用到促進角質形成細胞角化趨於正常的藥物，如異維A酸，阿達帕林凝膠。
甲硝唑片是臨牀上常見的抗生素，口服吸收好且在體內分佈廣泛，可進入感染病竈，對滴蟲、阿米巴滋養體以及破傷風桿菌具有強烈的殺滅作用，是治療阿米巴病、滴蟲病和破傷風的首選藥物。
此外臨牀上還可以用於治療厭氧菌引起的口腔、腹腔、女性生殖器、下呼吸道和骨關節部位等部位的感染。
同時甲硝唑對幽門螺桿菌感染的消化性潰瘍以及四環素耐藥引起的假膜性腸炎也有特殊療效，注意在用藥期間和停藥一週內禁用含乙醇的飲料。
