營養師表示如果長期使用代餐餅乾來代替日常飲食可能會使碳水化合物和蛋白質攝入不足，繼而造成營養不良、代謝紊亂等健康問題。有些代餐食品宣稱的“低能量飲食對健康有幫助”的說法沒有確鑿的證據支持，安全性還有待考察。
1、引起營養不良
代餐餅乾中雖然含有小麥粉、大豆粉、綠豆粉等各種穀物、豆類、薯類，甚至是一些蔬菜粉或脫水蔬菜在裏面。從理論上講，代餐餅乾的底線是能完全滿足膳食營養素參考攝入量中對應人羣的營養需求。但是，當前市場上代餐餅乾和普通餅乾是可以劃等號的，因爲還沒有一款代餐餅乾能完全滿足這個要求。如果長期食用代餐餅乾會逐漸營養不良而變得面黃肌瘦，甚至可能發生酮症。
2、體重反彈
代餐餅乾主要是通過低熱量、高纖維來增加飽腹感，減少熱量的吸收來達到減肥的效果，但長期低熱量飲食對健康是有損害的，會導致新陳代謝率下降，反而使後來的減肥更加困難。一旦恢復正常飲食，體重會馬上反彈。
1、代餐食品能夠延長胃的消化時間，從而產生飽腹感，但代餐食品的營養元素含量往往不均衡，維生素、礦物質等也非常有限，長時間食用會給人體的健康帶來不良影響。使用代餐食品時，必須保證必要的蛋白質和維生素，達到“減脂肪不減肌肉”。
2、在食用代餐食品期間也要注意多補充水分，每天至少喝2000cc的水，當體內脂肪燃燒利用時，需要有足夠的水分將這些代謝產物排出。減重當中非常容易脫水，所以水分補充更爲重要。
