優酪乳中的乳酸菌可以利用產生有機酸、定殖在腸道細胞表面上的方式，抵抗外來的病塬菌、減少壞菌的生存，也減少壞菌產生的毒素，讓腸道更健康。
有些乳酸菌能夠藉由促進自然殺手細胞活性、吞噬細胞活性、促進血清中IgA、IgM抗體生成、促進細胞介素(Cytokine)、免疫球蛋白的分泌的生成等，讓專一性與非專一性的免疫能力獲得改善。
乳酸菌可以藉由刺激巨噬細胞的活性，引發後續免疫能力的改變與調節平衡，進而降低過敏的反應。
有文獻觀察到攝取發酵乳製品，能夠降低總膽固醇的含量，但目前機制尚未明確，目前推測有數種可能：如膽固醇與乳酸菌的細胞壁接合後被排出體外、或被乳酸菌吸收利用(稱爲同化作用assimilation)，使人體無法吸收;降低膽固醇的合成等假說。
減少癌症生成的可能
對於攝取乳酸菌減少癌症生成的可能性，目前有一些推測的機制，包含攝取乳酸菌可能會減少人體腸道內有害物質的吸收、減少致癌前驅物質被相關酵素轉化爲致癌活性物質的能力、改變腸道內的微生物羣落謝活性、乳酸菌將致癌物質分解或與其結合、使抗突變物質含量增加、改變腸道內的物化特性等，都被視爲有可能降低癌症生成的可能機制。
短鏈脂肪酸可以作爲人體的能量來源，也可以影響腸道細胞的分化與腸道黏膜的發育，同時短鏈脂肪酸又能讓腸道內的好菌生長利用，形成讓腸道維持良好功能的好循環。
腸內的微生物菌相已被證實的肥胖有關聯，部分動物實驗結果指出餵食 Lactbacilli 與 Bifidobacteria 這2種屬的特定菌株，可以改善肥胖與糖尿病的症狀，但機制尚未明確。
臺灣的研究團隊發現的胚芽乳酸桿菌 Lactobacillus plantarum PS128 乳酸菌菌株能夠調控前額葉皮質的多巴安與血清素系統、並能夠減少小鼠的焦慮症狀，未來也能有幫助減輕憂鬱的優酪乳產品問世。
