益生菌活着到身體腸道系統內，伴隨着機能的成長以及新陳代謝，推動細菌羣落的正常化，遏制腸道系統產生凋謝物質，保證腸道功能的正常走向。另外，還可有效調治腹瀉、痢疾以及急性腸胃炎等。其也同許多慢性胃炎、潰瘍等消化道病理緊密相關，一些能抗胃酸黏連在胃部表面，隨着代謝作用來遏制螺旋桿菌的成長，防止胃潰瘍的產生。
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一般來說，乳酸菌生成的某些物質可有效減小血壓，例如γ-氨基丁酸等。還有些益生菌可特異剖釋乳蛋白，形成可遏制高血壓的酶以及多肽物質。長時間食用含此多肽的酸奶可有效預防血壓升高的情況。
可形成H2O2、遊離脂肪酸、有機酸以及細菌素遏止其他具有危害性的細菌的滋長，可激發植物或動物的非特異性免疫系統，增強自然損害細胞的活性功能，促進免疫球蛋白的分泌，加強腸道的屏蔽性能。
過敏是人體的免疫系統產生紊亂、失調的情況，是一種免疫性病理反應。當外來成分、生物體激發過敏體質人員的免疫系統時，機體便會生成較多的免疫球蛋白，散出組織胺從而導致身體過敏。益生菌治療法是一種如今盛行幫輔診治身體過敏的良好措施，通過該措施可有效平衡免疫蛋白抗體，改善病情。
寶寶喝益生菌酸奶的好處五 促進營養吸收
有利於人體腸道系統內的營養成分的消化吸收，可將乳糖分解爲乳酸，有效改善乳酸不耐的情況。乳酸桿菌和雙歧桿菌既可產出有效物質以供給機體，比如VB1、B2等多種維生素，，也可經由抑遏一些維生素分解菌來確保維生素的供求。還有，雙岐桿菌也具有一些功能，可有效減小血氨，進一步促進身體肝臟系統的優化。
很有可能同內源性代謝產物的調整與短鏈脂肪酸代謝的增強相聯繫。在使用過雙歧桿菌、乳桿菌的微生態劑品後，可對人體產生一定的影響。也就是可通過膽固醇變更爲人體不汲取的糞甾醇類物，以此來促使膽固醇水平降低。
乳酸菌可有效增強巨噬細胞的活性功能，且阻礙腫瘤的滋生及成長。益生菌可有效加強人體腸道系統中β—葡糖乙酸酶、偶氮還原酶等一些酶的活性功能，這些酶很可能與致癌物質的生成相關聯。還能效遏制有害菌的滋生與成長，即便膽鹽存在於此，致癌概率也會減小不少。
改善乳糖不耐症，提高對乳製品的適應能力。酸奶中的乳酸菌可以分泌出乳糖酶”，幫助人體消化乳製品中的乳糖，誘導人體腸道產生乳糖酶。經常喝酸奶，可以提高對乳製品的消化能力，漸漸適應牛奶、冰淇淋等其他含奶食品。
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