大豆異黃酮作爲大豆飲食的一部分，多年來一直被人類食用，具有高安全性，但可能的副作用或不良反應包括腸胃不適、噁心。
對大豆相關製品嚴重過敏雖然較罕見。然而，若食用後出現任何可能症狀，包括：皮膚紅疹、瘙癢/腫脹(尤其是臉部,舌頭,喉嚨)、嚴重頭暈、唿吸困難，請立即尋求醫療協助。
部分研究認長期高劑量大豆異黃酮可能刺激子宮內膜增生，而子宮內膜增生可能與子宮內膜癌有關，但此論點目前仍未經證實。
1、大豆異黃酮的類雌激素能夠彌補30歲以後女性雌性激素分泌不足的缺陷，可使女性皮膚光潤、細膩、柔滑、充滿彈性，煥發青春風采，使女性再現青春魅力。
2、大豆異黃酮還可調節雌激素水平，緩解更年期綜合症和改善骨質疏鬆。
3、大豆異黃酮的雌激素作用影響到激素分泌、代謝生物學活性、蛋白質合成、生長因子活性，是天然的癌症化學預防劑。大豆異黃酮可雙向調節雌激素，降低雌激素活性，減少女性因雌激素水平高而患乳腺癌的危險性。
1、服用異黃酮期間儘量不要接觸菸酒。因爲吸菸 喝酒都會對卵巢的功能產生影響，不利於分泌雌激素，甚至會加重內分泌失調。
2、兒童、青少年、孕婦、哺乳期婦女不宜服用大豆異黃酮。
3、曾對黃豆製品過敏者勿用，可能產生過敏反應。
4、由於異黃酮代謝與腸道菌有關，因此抗生素療程可能降低異黃酮的生物利用率。
