牙齦萎縮治療需要依造成的原因來決定處理方式，現階段方式計有：
牙周病治療
如果牙周病的病源仍存在，第一步要處理的問題就是先控制牙周病，避免牙齦繼續受到破壞。牙周病治療又分爲『牙齦下結石刮除與牙根整平術』，或是『牙周翻瓣手術』。這兩種術式都是使用特殊的牙周刮刀，將牙齦下牙菌斑及牙結石使用機械性的力量移除，搭配『牙周水雷射』的使用，可以讓牙周治療的效果更好，且術後的痠痛與不適感可以大幅減少。
移除不密合的假牙
不密合的假牙可能壓迫牙齦，或是造成假牙周圍牙菌斑的堆積。如果有不密合的假牙要儘快移除，避免假牙造成更進一步的牙周問題。
傳統牙肉移植手術
視牙齦缺損的型態與需要的牙肉量，牙肉移植的方式也有不同，最常見的牙肉移植有兩種：角化牙齦(FGG)或結締組織(CTG)。
顯微牙肉移植手術
顯微牙肉移植手術是一種微創的牙科手術方式，醫師在高倍率顯微鏡下使用極細緻的特殊器械來進行手術，由於傷口非常微小，因此可降低術後不適，而且通常在幾天之內便可以恢復正常飲食。這類牙齦萎縮手術費用約在 2 萬~ 4 萬元之間(以顆數或一區來計算)。
1、牙槽骨萎縮，這屬於正常的生理性牙齦萎縮，一般發生在60歲後。
2、鑲牙不當，當烤瓷牙、全瓷牙設計不當時，會傷害到牙齦，刺激導致萎縮。
2、炎性口腔病，比如牙周炎、牙結石、口腔潰瘍、牙齦炎等，都會刺激牙齦導致萎縮。
3、刷牙不正確，包括刷牙方式不正確和牙膏選擇不正確，剛開始沒有明顯癥狀，但會刺激到牙齦。
1、正確的刷牙方式
正確刷牙方式像是『貝氏刷牙法』的使用，牙刷尖緣 45 度角對着牙齦溝來回小範圍的移動，並避免使用過硬的刷毛與施加過大的壓力在牙齦上，此外，刷牙的時間也勿太久。一般來說，一天的刷牙次數在 2 ～ 3 次即可，每次進食後便立刻刷牙並沒有特別的效益。
2、良好的口腔衛生
除了正確的刷牙方式，牙線的使用也是非常重要，每天至少使用一次牙線，可以有效避免牙縫與牙肉下，牙菌斑形成以及牙周問題的發生。另外，含氟漱口水也是有效降低蛀牙率與減少牙齦發炎的方式。
3、預防磨牙
磨牙是二十一世紀的新興牙科文明病，不良的咬合、壓力與睡眠唿吸中止症都與這個問題息息相關。『數位止鼾器』是有效預防磨牙和治療睡眠唿吸中止症的方式，建議找具有睡眠唿吸方面的牙科專家，來處理這些複雜的牙科相關問題。
