卵黃囊瘤一般都是惡性的，是一種惡化程度極高的生殖細胞癌症。
卵黃囊瘤的生長迅速非常快，且還容易發生早期的轉移，對患者身體的危害很大，這些都符合惡性腫瘤的特徵。因此它最好是早發現早治療，太晚比如已經發生轉移了，這時候治療意義已經不大了。
卵黃囊瘤的診斷金標準是組織病理學診斷，這需要先取樣，取樣方法有手術切除、切取部分腫瘤組織、或者穿刺活檢獲取腫瘤組織樣本，然後再來進行病理診斷。若是無法取樣，比如睾丸卵黃囊腫瘤則應根據影像學和腫瘤標記物水平(甲胎蛋白)進行判斷。
卵黃囊癌是惡性的，它的治療要看腫瘤的分期決定。
如果發現是中期期，通過手術配合化療治療。可先行化療，等瘤體明顯縮小時再考慮手術切除，手術以後再加強化療來提高患者生存率。
若發現時已經是晚期了，這是腫瘤已經向遠處轉移，手術意義不大，只能單純化療稍稍延長生命，但化療的同時還要忍受身體出現噁心、嘔吐等很多痛苦。
