芎菊上清丸具有清熱解表，散風止痛之功效。用於外感風邪引起的惡風身熱、偏正頭痛、鼻流清涕、牙疼喉痛。
臨牀應用：
1.偏正頭痛：表現爲頭痛、眩暈、惡風，鼻塞流涕，口苦咽乾，或目赤耳鳴，舌苔薄白黃，脈弦數或弦緊數。西醫之神經性頭痛、三叉神經痛以及感冒頭痛等，有以上表現者屬此範圍。
2.眩暈：頭暈，目眩，或鼻塞流涕，耳鳴，咽喉不利，口苦咽乾等。西醫之神經官能症等，有以上症狀者可用本藥。
3.鼻淵：鼻流清涕，或濁涕，噴嚏，或鼻塞，或兼頭痛，頭目不清，口苦咽乾等。西醫之鼻竇炎、副鼻竇炎、萎縮性鼻炎、過敏性鼻炎等，有上述表現者，可按此辨治。
4.風火牙痛：牙痛齦腫，遇冷熱尤甚，牽引頭痛，兼頭暈、口苦，舌苔薄白黃，脈弦數，西醫之類症性牙周病等，見以上表現者，可用此藥。
本方由15味藥物組成。頭痛眩暈，多由於肝肺胃熱盛，風邪外襲，循經上犯頭目，阻遏清陽之所致。巔頂之上，唯風藥可以到達，故用辛散上行之羌活善治太陽經頭痛，川芎善治少陽、厥陰經頭痛，白芷善治陽明經頭痛，共爲主藥。菊花、連翹、蔓荊子、薄荷、防風、荊芥穗、藁本疏散上部之風邪，協助主藥，以增強解表散風止痛之效，共爲輔藥。黃芩、黃連、梔子清瀉內熱積火，又可監製以上辛散風藥過於溫燥升散，爲佐。桔梗載藥上行頭面，清宣肺熱，甘草調和諸藥，共以爲使。全方辛溫、辛涼、苦寒並用，有疏風清熱止痛之功，對內熱熾盛、感受風邪，上擾清竅所致的頭痛眩暈等疾病，極爲合適。
