以現有證據來看對於多數人來說短期口服應該還是安全的，現有試驗連着吃兩年也沒什麼問題，有記載的副作用包括頭疼、短時間內感到抑鬱、胃腸道反應等，可靠的長期數據仍然不足。
褪黑素會讓人白天嗜睡、頭痛、頭暈，值得注意的是，孕婦、嬰兒、兒童、凝血障礙、高血壓(褪黑素可能影響藥效)、抑鬱症、癲癇、器官移植人羣尤其不建議服用，當然了，也不要剛吃完褪黑素就去開車，操作機械
等。
褪黑素長期大量服用，經德國專家研究，有可能產生不孕不育的副作用。
一般建議褪黑素是建議中年後再服用，一般女性沒到40歲服用褪黑素，還是會對生育有一定的影響。
褪黑素其實是有大腦松果體分泌的一種可以改善睡眠的激素，長期服用可以產生依賴性，最好不要長期吃；並且國內某些廠家的褪黑素裏面違規添加了安眠藥，請慎重選購。
人體能自然產生褪黑素，它是哺乳動物和人類的松果體產生的一種胺類激素，是內分泌的一部分，參與睡眠的生理過程。有的人睡眠不好，就額外補充褪黑素，這種做法實際上干擾正常的生理過程，“可能最明顯的副作用就是性慾降低，所以年輕人最好別服”。
1、嚴格按照產品規定的適用人羣、服用劑量及服用時間服用。
2、服用褪黑素時最好不要抽菸、喝酒、
3、請勿在從事駕駛、高空作業等危險操作前服用。
4、不能同時服用阿司匹林。
5、少年兒童、孕婦及哺乳期婦女及抑鬱精神患者不宜服用。
