雖然六味地黃丸具有一定的補腎的作用，就算健康正常的人短期服用了一些也不會出現什麼明顯的副作用，但是如果要長期的服用，是非常有可能出現腹滿、食慾不振以及便溏等不良的症狀，因此沒有明顯腎陰虛的症狀者不宜長期服用六味地黃丸(腎陰虛通常都表現爲腰膝痠軟、煩熱以及頭暈耳鳴等症狀)。
六味地黃丸屬於甘溫性，比較偏向於補陰的藥，主要治療的是腎陰虛。而且由於六味地黃丸的配方中所含有的陰柔的藥物相對比較多一些，所以吃了六味地黃丸後有時候會妨礙消化功能。因此脾胃功能弱、消化不良者慎吃。如果服用兩週後如果效果不明顯，可能是選藥不對症，可以找一位中醫大夫對身體的症狀進行診斷，對症選藥。
肥胖者不要長期服用六味地黃丸，以免影響脾胃功能。快節奏的生活、缺少運動以及生活壓力，使得發胖的人越來越多。中醫認爲脾主運化水溼，體胖者體內多爲“痰溼”，脾胃負擔本身就比較重，如果再服用六味地黃丸，將會進一步加重體內陰溼的症狀，使脾胃負擔加重，進而影響到脾胃功能。
1、腎陽虛的人
如果您是腎陰虛，經常感到手腳心發熱，心煩，夜間睡眠後容易出汗，口乾舌燥，失眠多夢，再加上腰痠背疼，耳聾耳鳴，舌苔又不厚，是可以吃六味地黃丸的，但絕不能把六味地黃丸當做是補腎的萬靈丹。比如，腎陽虛的人，在感到腰膝痠軟的同時，夜間小便增多，大便經常不成形，總感到怕冷、手腳冰涼，食慾不振等，這種人服用六味地黃丸，無異於雪上加霜!
2、脾胃虧虛、痰溼偏盛的人
脾胃虧虛、痰溼偏盛的男人也不能服用六味地黃丸。這樣的人，平時食慾欠佳，經常胸悶、胃脹，大便溏泄，舌苔偏厚，六味地黃丸中的地黃、山萸肉等過於滋膩，服用後會加重病情。
3、有腎陰虛但又有感冒腹瀉的人
感冒發燒期間、急性腸胃炎腹痛腹瀉的時候，即使有腎陰虛症狀，也暫時不宜服用六味地黃丸，須待邪祛病癒後再服。
4、健康的人
對於健康人羣，如果沒有明顯腎陰虛的症狀，不適宜於自行長期服用六味地黃丸。六味地黃丸雖然是滋補腎陰的良藥，但不能當維生素天天吃。一般主張服用一個月後，停一週;或吃一週，期間停一兩天。
