肛門有一個肛門齒線，齒線之上是粘膜，之下是皮膚。肛乳頭瘤是在肛門齒線位置，就是在肛門裏1.5~2釐米的位置，而直腸息肉一般都是在齒線之上的粘膜發生的。
肛乳頭瘤是皮膚覆蓋的，直腸息肉是粘膜覆蓋的。肛乳頭瘤就在齒線上，所以它是皮膚覆蓋的，而直腸息肉一般都是粘膜下發生的，所以它不可能在外面，是在裏面，直腸大概是12公分，這12公分的粘膜都可以發生。
息肉一般容易出血，肛乳頭瘤是不出血的，因爲它是皮膚覆蓋的;息肉沒有疼痛感，而肛乳頭瘤有時有疼痛感覺。另外，需要注意的是肛乳頭瘤不會癌變，息肉是有癌變可能的。
