木香順氣丸的副作用尚不明確。
木香順氣丸爲香燥之品組成，如遇口乾舌燥，手心足心發熱感的陰液虧損者慎用;本藥對氣機鬱滯，肝氣犯胃的胃痛竄走者效果好，不適用於其他證侯的胃痛。凡是藥三分毒，因此病好即止，長期吃木香順氣丸的話，可能傷害胃津氣，建議服用木香順氣丸雖然副作用很少，但也要注意服用時間。
木香順氣丸的主要組成成分：爲木香、砂仁、醋香附、檳榔、甘草、陳皮、厚朴、枳殼(炒)、蒼朮(炒)、青皮(炒)、生薑等。
分別對應的作用有：
木香、香附：疏肝理氣，和中止痛爲君藥。
厚朴、青皮：行氣燥溼，散結消積。
枳殼、檳榔：行氣導滯寬中。
陳皮、砂仁：理氣化溼和中。
蒼朮：燥溼健脾，共爲臣藥。
甘草：甘草爲使，調和諸藥。
全方配伍，行氣化溼，健脾和胃之功。
