一般花甲連殼帶肉烹飪時，都不會刻意去裏面的腸腺，只是會先將花甲用清水浸泡，讓其吐沙及腸內殘留物。
若是想去除裏面的腸腺也可以，就是比較麻煩，快速去除的方法如下：
1、將花甲的外表用刷子清洗乾淨，並且使花甲吐乾淨沙子。
2、然後燒一鍋熱水，加少許的白酒，水開之後將花甲倒入其中。
3、把花甲攪動均勻，煮3分鐘左右，然後可以看到花甲開口。
4、將開口的花甲迅速撈出，過冰水快速降溫晾涼。
5、然後將花甲拿起來，用牙籤將花甲的內臟挑出去，花甲內臟在殼和肉的中間，顏色偏褐色。
6、挑出內臟之後再用清水漂洗一下，再用於烹飪。
能吃。
花甲肉中黑黑的東西是能夠食用的，因爲花甲主要是以微小的浮游硅藻爲食，其本身比較乾淨，所以一般其黑黑的成分是沒有有害成分的，可以被人體所食用。
只是其黑黑的部分可能不止是的浮游硅藻，可能會含有泥沙、海泥等的成分，其是會非常影響口感的，所以一般吃花甲肉的話，建議會先進行排出。
花甲是一種貝類食物，除了殼不可以食用外，其內部的所有肉質都是可以食用的，就算是其內部的未消化完的食物也是可以食用的。
若是不能接受其內部一些排泄物或者未消化的食物的話，也是可以不吃的，其雖然不影響身體健康，但是多少還是有點不衛生。
