清肺化痰丸的副作用尚不明確。
從成分看，清肺化痰丸是由膽南星、苦杏仁、法半夏、枳殼、黃芩、川貝母、麻黃、桔梗、白蘇子、瓜萎子、陳皮、萊菔子、款冬花、茯苓、甘草等爲主要成分製成的中藥製劑。成分決定藥品的功能主治和作用，清肺化痰丸臨牀主要作用在於降氣化痰，止咳平喘。用於肺熱咳嗽，痰多作喘，痰涎壅盛，肺氣不暢。從目前臨牀用藥情況看，清肺化痰丸的治療效果還是很不錯的，暫時沒有發現明顯的副作用。
1.忌食辛辣、油膩食物。
2.支氣管擴張、肺膿瘍、肺心病、肺結核患者應在醫師指導下服用。
3.服用三天病證無改善，應停止服用，去醫院就診。
4.服藥期間，若患者出現高熱，體溫超過38℃，或出現喘促氣急者，或咳嗽加重，痰量明顯增多者應到醫院就診。
5.高血壓、心臟病患者慎用。
6.兒童、孕婦、體質虛弱及脾胃虛寒者慎用。
7.對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
8.本品性狀發生改變時禁止使用。
9.兒童必須在成人監護下使用。
10.請將本品放在兒童不能接觸的地方。
11.如正在使用其他藥品，使用本品前請諮詢醫師或藥師。
12.運動員禁用。
