久芝清心丸的副作用尚不明確。
久芝清心丸主要由大黃、黃芩、桔梗、山藥、丁香、牛黃、麝香、冰片、硃砂、雄黃、薄荷腦中藥組成的複方製劑。久芝清心丸臨牀使用，暫無不良反應的報道。但方中大黃瀉下作用強，硃砂爲汞的化合物，汞與蛋白質中的疏基有特別的親合力，高濃度時，可抑制多種酶和活動。進入體內的汞，主要分佈在肝腎，而引起肝腎損害，並可透過血腦屏障，直接損害中樞神經系統。因此，使用時應該通過正常的渠道購買，以免引起不良反應。
藥方分析：本方由11味藥組成。方中大黃苦寒，功善瀉火通便，涼血解毒，逐瘀，爲主藥。牛黃、黃芩、雄黃寒溫並用，均有解毒之功;薄荷清輕涼散，善於疏散風熱、清利頭目;桔梗苦辛可宣肺化痰利咽，共爲輔藥。麝香、冰片開竅醒神;丁香溫中降逆，且防苦寒之品敗胃;山藥益氣養陰，且防火熱耗氣傷陰，同爲佐藥。諸藥合用，共奏清熱解毒、瀉火開竅、泄下通便之功。
