我國每年新出生嬰兒約1500萬，其中很多由於各種疾病影響，不能喂母乳或普通嬰兒配方食品，因此，根據不同的需求，對配方奶粉的選擇也會有所不同。常見的特殊配方奶粉有以下幾種：
○早產兒奶粉
早產兒因未足月出生，消化系統發育更差，此時以母乳最合適，也可使用專爲早產兒設計的早產兒配方，待其體重發育至正常(大於2.5千克)纔可更換成嬰兒配方奶粉。早產兒奶粉是爲適應早產兒胃腸消化吸收能力不成熟、需較多卡路里及特殊營養素來完成個體生長等特殊需求，所調配的奶粉。此類奶粉容易消化吸收且熱量高，並不僅限於早產兒食用，低體重兒也可以選用，只要符合寶寶需要及兒科醫師許可，即可給寶寶食用。
○脫敏奶粉
又稱“黃豆配方奶粉”，此配方奶粉不含乳糖，爲天生缺乏乳糖酶的寶寶，及有慢性腹瀉導致腸黏膜表層乳糖酶流失的寶寶、有哮喘和皮膚疾病的寶寶所設計。若是乳糖不耐性腹瀉時可以直接換成此種配方奶粉;若是對牛奶蛋白敏感產生腹瀉，可用全豆蛋白質嬰兒代奶粉。待腹瀉或過敏症狀有所改善後再逐漸換回正常的奶粉。
○水解蛋白奶粉
又稱“腹瀉奶粉”，此類配方奶粉多適用於急性或長期拉肚子的寶寶。其提供的營養可完全符合寶寶的需求，只是營養成分已經事先水解過，食入後不必經由寶寶的腸胃消化即可直接吸收，故此配方奶粉含渣量少或無渣，可減少寶寶的糞便量。腹瀉奶粉要換回一般嬰兒配方奶粉時，要採用漸進式換奶方式。
○較大嬰兒奶粉
此種奶粉爲6個月以上的較大寶寶適用，營養含量較嬰兒配方奶粉高，蛋白質含量也有所提高。因爲此階段的嬰兒已經開始接受其他食品，營養吸收範疇擴大，所以即使繼續食用嬰兒配方奶粉也不會有營養缺乏的現象，媽媽們可以根據自己寶寶的情況決定是否更換成蛋白質含量較高的較大嬰兒奶粉。
