一般來說，扁平疣不經治療是不會自愈的。不過也有極少數症狀較輕者自愈的案例。
扁平疣是屬於病毒性皮膚疾病，由乳頭狀瘤病毒HPV3和HPV5感染引起的皮膚贅生物。一般這種病毒性的疾病不經過醫藥的治療，是不會徹底自愈的。
扁平疣的治療方法包括系統療法、局部療法、物理療法、生物製劑療法。
如果皮損數量不多，可以冷凍或激光治療，也可以外用維a痠軟膏、他扎羅汀乳膏、咪喹莫特乳膏等，如果這些外用藥無效，可以使用5%5-FU乳膏，非常有效，但易留色素沉着。
如果皮損數量多，可以考慮光動力治療。嚴重者可配合口服維甲酸類藥物。
1、保持愉快的心情，加強身體鍛鍊。因扁平疣病程慢，修護時間一般需要2～3個月， 或者更長，但修護後皮疹即可變平、消退，不留任何痕跡，因此修護期間要樂觀，有耐心、毅力。
2、發現扁平疣，要及時修護，不宜搔抓或摳剝疣體，也不宜過度搓洗。
3、注意個人衛生，忌與他人共用清潔用具。
4、在體力勞動或容易受傷的工作人羣中注意勞動保護，防止外傷。
5、多吃蔬菜、水果，補充多種維生素。避免辛辣刺激的飲食。
