黃連上清丸處方來源於明代醫家龔廷賢《萬病回春》中的“洗肝明目散”，經加減化裁而立方。牛黃上清丸處方則來源於明代著名醫家李梴所編撰的《醫學入門》，在原方的基礎上，加減化裁而成。
從成份來看，黃連上清丸是由黃連、梔子(姜制)、連翹、蔓荊子(炒)、防風、荊芥穗、白芷、黃芩、菊花、薄荷、酒大黃、黃柏(酒炒)、桔梗、川芎、石膏、旋覆花、甘草組成。牛黃上清丸的主要成分則爲牛黃、薄荷、菊花、荊芥穗、白芷、川芎、梔子、黃連、黃柏、黃芩、大黃、連翹、赤芍、當歸、地黃、桔梗、甘草、石膏、冰片。
黃連上清丸能清熱散風，適宜風熱侵犯上中焦所致的頭暈耳鳴、暴發火眼，口舌糜爛、齒齦生瘡等中上焦熱盛諸症。而牛黃上清丸使用於上中焦熱熾火，津液未傷所見諸症。特別是伴有大便燥結者更爲適宜，對於風熱同犯上焦所致的頭暈、頭疼、目赤等症有較好的作用。對於急性咽炎、急性扁桃體炎和急性齒齦炎尤其適宜。
