因爲六神丸中含有蟾酥，其有效成分爲蟾毒素等，應用不當易致心律失常;雄黃主要含有硫化砷成分，對肝腎等生命器官有較強的毒素作用。兒童處於發育階段，心肝、腎功能尚未發育完全，所以兩歲一下兒童需慎服六神丸，新生兒禁用。
六神丸參考用法用量：
六神丸每粒約70毫克，小兒一歲每次服一粒;
兩歲每次服兩粒，3歲每次服3～4粒;
4～8歲每次服5～6粒;
9～15歲每次服8粒;
成人每次服10粒，以上均每日兩次。
1、預防不可用於小孩熱癤、痱子等疾病。有人出於保健目的，給8至10天新生兒灌服六神丸10～30粒，出現中毒，嚴重的甚至死亡。
2、六神丸中的明雄黃是有毒的砷化物。如果長期或大量使用會發生慢性砷中毒，可導致肝、腎損害，皮膚色素沉着及角化皸裂等。砷化物還可抑制酶的活性，因此六神丸忌與酶製劑、亞鐵鹽、亞硝酸鹽等西藥聯合使用，以免降低療效。
3、服用洋地黃製劑患者應慎用六神丸。因爲六神丸與洋地黃製劑在致毒方面有協同作用。服藥期間應忌菸、酒及辛辣食物。癰癤瘡面化膿潰爛者，不可外敷六神丸。
4、孕婦應禁用六神丸。個別患者對六神丸可發生過敏反應及過敏性休克，如不及時搶救可危及生命。
5、六神不宜長期服用，六神丸中的明雄黃是有毒的砷化物。如果長期或大量使用會發生慢性砷中毒，可導致肝、腎損害，皮膚色素沉着及角化皸裂等。砷化物還可抑制酶的活性，因此六神丸忌與酶製劑、亞鐵鹽、亞硝酸鹽等西藥聯合使用，以免降低療效。
