嬰幼兒配方奶粉針對不同體質的寶寶也有着不同的分類：普通配方奶粉、早產兒配方奶粉、不含乳糖配方奶粉、水解蛋白配方奶粉。
一、普通配方奶粉
以牛乳爲基礎之嬰兒配方奶，適用於一般的嬰兒。市售嬰兒配方奶粉成份大多可符合寶寶需要，但仍有些成份比例不相同。並且按月齡分爲不同階段。可月齡來選擇。當發現所食用的嬰兒配方奶粉與寶寶的體質不合時，應立即停止原配方，改用其它品牌配方。
二、早產兒配方奶粉
早產兒因未足月出生，消化系統發育更差，此時仍以母乳最合適或使用專爲早產兒設計之早產兒配方，待早產兒的體重發育至正常纔可更換成嬰兒配方奶粉，主要成份(如乳糖改爲葡萄糖聚合物、以及中鏈脂肪酸油取代部分長鏈脂肪酸油)已經修正爲適合早產兒使用。
三、不含乳糖配方奶粉
又稱爲黃豆配方奶粉。此配方不含乳糖，乃針對天生缺乏乳糖酶的寶寶及慢性腹瀉導致腸黏膜表層乳糖酶流失的寶寶設計。 寶寶在拉肚子時可停用原配方奶粉，直接換成此種配方，待腹瀉改善後，若欲換回原奶粉時，仍需以漸進式進行換奶。
四、水解蛋白配方奶粉
此配方又稱爲醫瀉奶粉，其提供的營養可完全符合寶寶的需求，只是營養成份已經事先水解過，食入後不需經由寶寶的腸胃消化即可直接吸收，多使用在急性或長期慢性拉肚子，腸道酵素黏膜層受損，多種消化酵素缺乏之寶寶，或短腸症寶寶等。
