臨牀試驗中偶見一過性的中性粒細胞減少症，但無資料表明與阿奇黴素有關。
部分患者服用阿奇黴素後曾出現聽力損害包括聽力喪失、耳鳴和/或耳聾。據調查研究表明這種現象與患者持續大劑量使用本品有關，通過對這些患者的隨訪，發現大多數患者的聽力可恢復。
噁心，嘔吐，腹瀉，稀便，腹部不適(疼痛或痙攣)，胃腸脹氣。
肝功能異常。
皮膚和皮下軟組織異常
包括皮疹和血管神經性水腫在內的過敏反應。
1、感染和寄植：念珠菌病和陰道炎。
2、血液和淋巴系統異常：血小板減少症。
3、免疫系統異常：過敏反應(罕有致死)。
4、代謝和營養異常：厭食。
5、精神異常：攻擊性反應，神經質，焦慮不安，憂慮。
6、神經系統異常：頭暈，驚厥(與其他大環內酯類相似)，頭痛，活動增多，感覺異常，嗜睡，昏厥。罕有味覺/嗅覺倒錯和/或缺失的報道。但與用藥是否相關，尚未明確。
7、耳和迷路異常：眩暈。
8、心臟異常：心悸和心律失常，包括室性心動過速(和其他大環內酯類一樣)均有報道；罕有報道QT間期延長和尖端扭轉型室性心動過速。但尚未證實上述不良事件與阿奇黴素有關。
9、血管異常：低血壓。
10、胃腸道異常：嘔吐/腹瀉(罕有脫水者)，消化不良，便祕，僞膜性腸炎，胰腺炎，及舌變色(罕見)。
11、肝膽系統異常：曾有報道阿奇黴素引起肝炎和膽汁瘀積性黃疸，偶爾引起肝壞死和肝衰竭，但罕有致死者，因果關係尚未確定。
12、皮膚和皮下軟組織異常：過敏性反應如瘙癢，皮疹，光過敏，水腫，蕁麻疹，血管性水腫。罕見的嚴重皮膚反應如多形性紅斑，Stevens-Johnson綜合症及中毒性上皮溶解壞死等曾有報道。
13、肌肉骨骼和關節組織異常：關節痛。
14、腎臟和泌尿系統異常：間質性腎炎及急性衰竭。
15、一般異常和輸注部位反應：有全身無力報道但尚未證實與本品有關，其他有疲勞和全身不適。
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