小孩子長期服用抗生素是有危害的，首先就是抗藥性，無論什麼藥，吃多了就會產生抗體，以後吃這個藥就會沒有效果了。大量給孩子使用抗生素，會引起孩子對於藥物的耐藥性，使用抗生素是對病原菌耐藥性的鍛鍊。雖然大多數普通的細菌都被殺死，但是以前不佔優勢的耐藥致病菌仍然存在，並大量繁殖，就會出現耐藥性。
小孩如果長期服用抗生素，還會影響腸道菌羣，導致益生菌在腸道內的減少，引發一些腸道疾病，同時還影響營養的吸收，導致營養不良。
寶寶長期服用抗生素，除了會導致營養不良，還可能會導致臟器受損。很多抗生素都是由經肝臟與腎臟的器官代謝的，代謝過程中已經對肝、腎器官造成了損害，而孩子體內各種器官都沒有發育成熟，會很容易遭受到抗生素或潛在的損害致殘，所以不要長時間的給孩子服用抗生素。
寶寶如果長期服用抗生素，會破壞寶寶自身的免疫系統，使免疫力降低。長期給孩子使用抗生素，身體會對抗生素產生惰性，兒童的免疫力會變得越來越差，不再積極對抗細菌，導致孩子身體免疫力的低下，抵抗力的下降。
