很多抗生素都是通過肝臟和腎臟代謝的，在其代謝過程中已經對肝、腎器官產生損害，而孩子體內的各種器官尚未發育成熟，更容易遭到抗生素的殘害或潛在的殘害，首當其衝就是肝、腎兩個器官。
另外，慶大黴素、丁胺卡那等容易造成兒童耳聾，環丙沙星等對孩子軟骨有潛在損害，氯黴素則可導致骨髓抑制和兒童灰色綜合徵。
如果在病毒感染早期，大量應用抗生素也可使體內菌羣失調，有利於病毒繁殖，出現抗生素相關性腹瀉，加重患兒病情；
還會增加小孩對藥物的過敏反應，導致小孩二重感染、真菌感染以及溼疹、哮喘等疾病。
許多研究證實，新生兒期和嬰兒期應用抗生素可導致腸道菌羣的改變，增加哮喘的發病風險。2011年1月，挪威科技大學公佈的一份研究報告說，如果孩子在胎兒時期接觸過抗生素，或者在出生後不久接受過抗生素治療，那麼他們日後患哮喘的風險可能增加。
研究人員指出，孩子過早接觸抗生素有可能造成其腸道有益菌羣被破壞，導致形成“不成熟”的免疫系統，引發過敏反應，從而提高患哮喘的風險。
2012年3月，加拿大不列顛哥倫比亞大學研究人員發表的一份研究報告顯示，兒童使用抗生素可能會增加他們過敏性哮喘的發病率和嚴重程度。
研究人員在新生和成年小鼠身上分別使用鏈黴素和萬古黴素這兩種抗生素。他們觀察後發現，鏈黴素對新生小鼠沒有太大的副作用，但萬古黴素卻導致它們出現腸道菌羣失調並患上嚴重的哮喘。相比而言，成年小鼠沒有出現任何症狀。
大量使用抗生素無疑是對致病菌抗藥能力的“鍛鍊”，在絕大多數普通細菌被殺滅的同時，原先並不佔優勢的具有抗藥性的致病菌卻存留了下來，並大量繁衍。
而且由於藥物長期刺激，使一部分致病菌產生變異、成爲耐藥菌株。如果細菌出現耐藥性，一旦生病，就會用更多的抗生素對抗致病菌，致病菌爲了抵抗抗生素就會加速基因變異。
大環內酯類抗生素增加兒童哮喘和超重風險
2016年1月，《自然-通訊》上發佈的一項研究，芬蘭、荷蘭和德國的研究人員收集了142名2歲至7歲芬蘭兒童的抗生素使用記錄，並檢測他們糞便樣本中的腸道菌羣。
結果發現，大環內酯類抗生素會影響這些兒童的腸道菌羣，擾亂兒童免疫系統，使其患哮喘等疾病的風險升高。另外，大環內酯類抗生素的總體使用量越大，兒童的身體質量指數（BMI）就越大，體重超重的風險也就越大。
抗生素會影響腸道菌羣，導致腸道內益生菌減少，會導致一些腸道疾病，影響營養的吸收，導致營養不良。
因爲維生素K是人體腸道益生菌合成，受抗生素的影響腸道內益生菌減少，所以維生素K也就隨之減少。
維生素K是凝血因子，其缺乏會導致易出血以及出血不止情況出現。
抗菌藥物在嬰幼兒人羣中的使用相當普遍，有研究顯示抗生素的使用破壞了腸道正常菌羣，增加了兒童1型糖尿病的發生風險。腸道菌羣失調和菌羣多樣性的破壞也與T1DM的發生有關。
破壞兒童免疫力
抗生素殺死細菌的原理主要是通過模仿細菌所需營養成分的結構，讓細菌“吃掉”抗生素，使其不能再獲得其他營養，最後把細菌“餓死”。
2016年7月發表於《Gastroenterology》上的一項回顧性隊列研究中，對2歲前抗生素暴露和4歲時肥胖之間的聯繫進行了評估。
這項研究的最終的結論是，2歲之前接受3個或更多療程的抗生素治療與早期兒童肥胖的風險增加有關。
