2歲前抗生素的使用會增加寶寶肥胖風險，2歲之前接受3個或更多療程的抗生素治療與早期兒童肥胖的風險增加有關。
許多研究證實，新生兒期和嬰兒期應用抗生素可導致腸道菌羣的改變，增加哮喘的發病風險。研究人員指出，孩子過早接觸抗生素有可能造成其腸道有益菌羣被破壞，導致形成“不成熟”的免疫系統，引發過敏反應，從而提高患哮喘的風險。
抗菌藥物在嬰幼兒人羣中的使用相當普遍，有研究顯示抗生素的使用破壞了腸道正常菌羣，增加了兒童1型糖尿病的發生風險。腸道菌羣失調和菌羣多樣性的破壞也與T1DM的發生有關。
早期使用抗生素使溼疹風險增加15%-41%，使花粉過敏風險增加14%-56%。此外，研究還顯示，與接受1個療程抗生素治療的嬰兒相比，接受2個療程抗生素治療的嬰兒同時發生2種過敏(溼疹和花粉過敏)的風險更高。
可致營養不良
抗生素會影響腸道菌羣，導致腸道內益生菌減少，會導致一些腸道疾病，影響營養的吸收，導致營養不良。
抗生素殺死細菌的原理主要是通過模仿細菌所需營養成分的結構，讓細菌“吃掉”抗生素，使其不能再獲得其他營養，最後把細菌“餓死”。
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