服用附子理中丸可能會出現大便增多的情況(中醫認爲是“足太陰脾經開在下”的表現，說明脾胃功能在恢復)。
也可能會出現食慾增加等脾胃功能改善的情況，甚至，可能會出現長痘痘等反應(身體陽氣增加，推動寒溼循胃經排出體表的過程);
另外服用附子理中丸期間出現尿多，屁多，汗多，咳嗽，便祕或腹瀉嘔吐皆是排病反應。
附子理中丸所含的附子有一定的毒性，大劑量服用有可能會出現胃部消化不好、沒有食慾、脫髮等不良反應，如果出現以上不良反應可以減少用量或停止服用。比如只在晚上吃兩粒，兩天吃一次等。
1、有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病嚴重者應在醫師指導下服用。
2、感冒發熱病人不宜服用。
3、吐瀉嚴重者應及時去醫院就診。
4、孕婦慎用，哺乳期婦女、兒童應在醫師指導下服用。
5、對本品過敏者禁用，過敏體質者慎用。
6、兒童必須在成人監護下使用。
