1996年3月，伊利股票在上海證券交易所掛牌交易，成爲全國乳品行業首家A股上市公司。伊利股份憑藉良好的業績和高速的成長性成爲證券市場公認的藍籌績優股。1999年，“伊利”商標被國家工商行政管理局認定爲“中國馳名商標”，並在中國食品行業內首家通過了ISO9002國際質量體系認證。
伊利系列產品在國家乳品檢測中心市場抽檢中，連續多年產品的合格率爲100%。公司榮獲中國質量管理協會授予的“全國用戶滿意企業”稱號，被中國食品工業協會評爲“質量效益型企業”。2000年9月，伊利集團又被國家質量技術監督局評爲“全國質量管理先進企業”。
伊利奶粉事件 回首伊利曾經風光
2002年，伊利純牛奶在乳品行業獨家獲得《質量安全國家標準合格產品》證書。同年，伊利集團所屬的液態奶事業部首先通過了國際食品行業中通行的HACCP管理體系認證，成爲國內乳品行業第一家實現食品安全有效監控的企業。02年8月，伊利股份作爲中國證監會批准的七家增發股票的公司之一，增發了近5000萬股A股，成功募集到資金8億元，爲伊利擴大生產規模、調整產品結構，建立全國性物流配送體系和現代化營銷體系提供了有力的資金保障。
2003年初，伊利集團所屬冷飲事業部、奶粉事業部、原奶事業部也全部通過第三方審覈認證，在國內食品加工業起到良好的示範作用。2003年12月，伊利集團獲得了素有“綠色壁壘通行證”之稱的ISO14001環境管理體系的資格認證證書，標誌着伊利集團已經成功得到進軍國際市場的“綠色通行證”，爲實現進入世界乳業20強的目標奠定了堅實的基礎。
2004年，伊利集團與中國疾病預防控制中心營養與食品研究所、荷蘭LIPID NUTRITION公司、南昌大學等國內外權威營養研究機構聯合，發起全球首個針對中國母乳進行系統科學研究的合作項目;2005年伊利集團與內蒙古自治區科技廳聯合組建國內第一家乳業研究機構——內蒙古乳業研究院;2008年年初，伊利集團在總結中國母乳科研成果的基礎上發佈了首個“中國母乳數據庫”，使全球嬰幼兒配方奶粉的研發大體系，有史以來第一次參照來自中國的數據，第一次基於科學數據洞察和滿足中國寶寶的體質需求。
2009年底成立的“伊利母嬰營養研究中心”代表着中國母嬰營養研究領域進入專業科技主導的新階段，也標誌着中國母嬰數據首次系統性進入全球高端配方奶粉研發序列。伊利集團基於“中國母乳數據庫”，結合中國母乳研究項目科研成果開發出伊利“金領冠”嬰兒配方奶粉，成爲目前爲止中國市場上唯一以中國母乳爲標準設計的嬰幼兒奶粉。
2011年，伊利股份實現營業收入374.5億元，同比增長26%，其中奶粉業務收入56億元。據AC尼爾森發佈的數據，伊利奶粉在國內奶粉市場佔有率爲21%，位居第一。
