經過近十年的考驗，目前HPV疫苗總體安全性較高，常見的副作用包括注射點反應，如疼痛、紅腫、出血、瘙癢和普通反應，如頭痛、發熱、噁心、嘔吐等。
注意：
少數個例顯示有過敏反應，如呼吸困難、哮喘、蕁麻疹等。此外，HPV疫苗從開發研製到應用只有20幾年的時間，其可能存在的長期副作用也無法預知。
根據美國CDC發佈的HPV疫苗指南推薦，11-12歲女孩和男孩在無性行爲前接種HPV疫苗最佳。
注意：
對於有性生活的女性也可接種HPV疫苗，接種HPV疫苗前不需要先檢測自己是否已經感染HPV。不論是否已有HPV感染，接種疫苗後，絕大多數女性均可獲得不同程度的保護，月經期可以接種HPV疫苗。
1、對HPV疫苗過敏者不適合接種。
2、懷孕期間不推薦注射HPV疫苗。
小貼士：
若在未知懷孕的情況下已經注射了HPV疫苗，可以繼續妊娠，剩下未接種完的劑量需等妊娠結束後繼續接種。哺乳期婦女可以注射疫苗。
