核磁共振是將人體置於特殊的磁場中，用無線電射頻脈衝激發人體內氫原子核，引起氫原子核共振，並吸收能量。在停止射頻脈衝後，氫原子核按特定頻率發出射電信號，並將吸收的能量釋放出來，被體外的接受器收錄，經電子計算機處理獲得圖像，這就叫做核磁共振成像。
CT是用X線束從多個方向對人體檢查部位具有一定厚度的層面進行掃描，由探測器而不用膠片接收透過該層面的X線，轉變爲可見光後，由光電轉換器轉變爲電信號，再經模擬/數字轉換器轉爲數字，輸人計算機處理。
核磁共振可根據需要直接顯示人體任意角度的切面像，可以直接作出橫斷面、矢狀面、冠狀面和各種斜面的體層圖像;而CT只能顯示與身體長軸相垂直的橫斷層像。
核磁共振對主要檢查腦內血腫、腦外血腫、腦腫瘤、顱內動脈瘤、動靜脈血管畸形、腦缺血、椎管內腫瘤、脊髓空洞症和脊髓積水等顱腦常見疾病非常有效，同時對腰椎椎間盤後突、原發性肝癌等疾病的診斷也很有效，不會產生CT檢測中的僞影，無電離輻射，對機體沒有不良影響。
CT對平片檢查較難顯示的部分，例如同心、大血管重疊病變的顯示，更具有優越性。同時CT對胸部疾病的診斷，隨着高分辨力應用，日益顯示出它的優越性。通常採用造影增強掃描以明確縱隔和肺門有無腫塊或淋巴結增大、支氣管有無狹窄或阻塞，對原發和轉移性縱隔腫瘤、淋巴結結核、中心型肺癌等的診斷，起着主要的診斷作用。肺內間質、實質性病變也可以得到較好的顯示。對胸膜、膈、胸壁病變，也可清楚顯示。
核磁共振檢查費用昂貴，遠遠高於CT檢查的費用，一個部位的核磁共振檢查費在800—1300元，而CT僅180—600元;運轉維護費用高，一年約耗電40萬度，僅電費一項即需幾萬元人民幣，還需要液氦、液氮、重水和其他材料等。
