鹼性磷酸酶主要存在於肝臟、腸、腎、骨骼等器官中，其數值偏高可能這些器官組織發生了病變，常見的有肝炎、肝硬化、肝佔位性病變、阻塞性黃疸、肝癌等，應進一步檢查化驗確診。
也有些人鹼性磷酸酶高是正常現象，比如孕晚期的媽媽及生長中的兒童，無需處理。
鹼性磷酸酶高分生理性和病理性兩類，其危害各部相同，具體如下：
1、生理性的鹼性磷酸酶高對患者身體無任何危害，是正常現象，不用治療。
2、病理性的鹼性磷酸酶高則一般是疾病引起，且多是肝臟、腸、腎等器官病變，這些都是較爲危險嚴重的疾病，若是不及時治療，病情加重身體會出現不適，嚴重的還可致人死亡。
檢查發現鹼性磷酸酶高先不要着急擔心，應再進一步檢查，比如B超等來查明病因。若是生理性，比如懷孕期婦女、正在發育期的兒童、骨折、或吃了太多油膩食物所致，是正常反應，不用治療。
但排除了生理性原因外，剩下的病理性患者，則需要根據不同的疾病，採取不同的治療方法。比如黃疸型肝炎引起的，可服用熊去氧膽酸治療，肝囊腫引起的偏高，則需要手術切除或肝移植治療，肝癌引起的需要化療或手術切肝或肝移植。
