電磁爐是用交流電產生的微波使食物中的水分子以每秒鐘幾十億次的速度旋轉，造成分子間產生摩擦，使食物快速加熱。而這種微波會產生電磁輻射，如果長期受到強烈的輻射，會給身體造成隱患，比如會使人的神經變得衰弱，繼而產生頭痛、失眠、心律失常等症狀。孕婦長期被輻射則會導致胚胎髮育不良，出現流產或者胎兒畸形的情況。甚至長期被輻射，會造成部分細胞的癌變，增加得惡性腫瘤的機率。
微波爐在加熱食品的過程中也會造成食物中營養成分的的損失。曾有報告指出，微波食品中的礦物質、B族維生素、維生素C和維生素E的損失量是相當大的，蛋白質也有一定程度的少。
微波一些食物時，尤其是隔夜做好的青菜，由於隔夜的青菜中已經產生了不少亞硝酸鹽，在微波的作用下很容易生成致癌物質;牛奶、水果、麥片中的氨基酸也會在微波後轉化爲致癌物;有些盛放食物的塑料在受熱的時候也可能會釋放出一些有害的成分。
有研究表明，長期食用微波爐食品，還會致使男性和女性荷爾蒙的分泌出現異常，並且導致永久性的腦損傷，造成記憶力下降，注意力無法集中，情緒波動，智力下降，心臟病等。
微波爐是會有一些危害，但其實只要你使用微波爐時做好這些事項，就能很好的預防這些危害的發生。
1、孕婦、嬰兒吃的東西儘量少用微波爐加熱，最好用水加熱。
2、微波爐加熱食物時候，爲了防止水分流失，可以稍微蓋住蓋子。
3、使用微波爐熱東西的時間不要太長，兩分鐘左右就可以了，最好不要超過8分鐘。
4、不要用用普通塑膠容器，要用專門的微波爐器皿盛裝食物放入微波爐中加熱，以免塑膠容器變形或放出有毒物質污染食物，危害人體健康。
5、不要長時間在微波爐前逗留，開啓微爐後，人應遠離微波爐或人距離微波爐至少在1米之外。
6、微波爐不能加熱雞蛋、半熟食物，也不能用來解凍食物。
7、不能把微波爐放在臥室，同時應注意微波爐上的散熱窗柵不能被覆蓋。
8、食物加熱後不要直接用手去拿，應該用防熱手套或者墊子取出，以防被灼傷。
