適於單發的指甲，局麻下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術後一般會感覺較疼痛，容易重新感染復發，臨牀現已較少使用。心臟病、高血壓、糖尿病等患者，不宜手術治療。
內服藥物
適於多個指(趾)甲。如每日口服特比萘芬片250mg，連服6～12周;伊曲康唑400mg/天，連服7天、休息21天爲一療程，持續3～6個療程;每週1～2次服氟康唑150mg，連續4月以上。可治癒80%以上的甲癬及甲真菌病。但因爲這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，用藥量大，用藥時間長，應定期監測藥物不良反應。
外用療法
外用療法：一般宜選外用療法治療灰指甲，根據藥劑不同，主要有浸泡、局部塗藥和封包削治等方法。治療時需配合去除病甲，故一般沒有內服法方便，但卻安全、無痛苦、無副作用。只要藥劑選用得當，效果較理想。用純中藥藥浴療法(外用)治療灰指甲(手、足癬)主要成份包括：土茯苓、苦蔘、白蘚皮、殭蠶、全蟲、蜈蚣、白花蛇等中草藥，採用大劑量、大濃度，每次洗、泡二十分鐘以上。採取手足局部整體浸泡的方法進行治療(一般需浸泡整個甲板)，以達到使藥物強力滲透至甲板深部及皮膚角質層，徹底殺滅寄生在甲板角質內以及周圍皮膚角質層內所有的真菌，使灰指(趾)甲得到整體治療而根治，杜絕復發的產生。患有灰指甲的患者在用藥十五天到二十天可在指根部長出新甲，持續用藥待新甲全部長出，病甲全部剪掉，病患消除得到根治， 治療程中不會產生任何副作用。
治療灰指甲偏方
食醋方
材料：白醋、塑料手套
做法：將白醋倒到塑料手套裏，然後把患灰指甲的手套進手套裏，用橡皮筋把套口紮起來。
用法：每天這樣浸泡3-5個小時，3天后患手的症狀就會有所改變，1-2個月灰指甲就可以治癒。
大蒜糯米方
材料：大蒜、糯米飯一些
做法：將大蒜和糯米飯攪拌、搗爛
用法：塗在患手的指甲上，24小時更換1次。
菸絲醋方
材料：醋60毫升，香菸2支
做法：在香菸中去除菸絲，放醋裏浸泡2天
用法：把患手放進醋液裏浸泡，每次10分鐘，每天浸泡2次
花椒蒜醋
材料：花椒20克，醋500毫升，大蒜100克
做法：大蒜剝皮後搗碎，然後同花椒一起放入醋瓶子裏，浸泡3-4天。
用法：先用熱水泡腳10分鐘以上，將病甲表層輕輕刮除後把患手放到醋裏浸泡15分鐘，然後用棉花蘸些花椒蒜醋來包裹指甲，1個月爲1個療程
艾灸方
材料：艾條
方法：先用刀片把病甲表層刮除，然後點燃艾條，用艾條在患部薰灸，每次灸15-20分鐘，每天灸3-4次，注意調節艾火與患部的距離，避免燙傷，一般連續用15-20天可以治療好
碘酒塗擦
碘酒塗擦或浸泡患趾，每日4~6次，每次15~20分鐘，利用碘酒的消毒作用將病變的皮膚組織給腐蝕掉，讓它重新生長，以預防甲溝炎。
藥酒浸泡
1、鴉膽子20(克)打碎，生百部30(克)，白酒，醋各半斤。用量爲1只患手用量。
2、把所有物品共放入大口瓶內，密閉，浸泡10天后備用。
3、用時把患手插入瓶中浸泡(浸泡過程中要儘量減少液體揮發)，每次浸泡30～60分鐘，每日浸泡2～3次，約11～12天液體泡完就愈。殺蟲去腐。
