研究發現，飯後立即吃水果容易導致水果在胃中滯留，使得果糖與胃酸作用而導致吃下的米飯過度發酵，產生大量的氣體，而這會導致腹脹、打嗝或是腸胃不適。因此，吃水果宜在飯後2小時或飯前1小時。
水果所含的主要成分是維生素C，而維生素C可與銅離子發生作用，會產生一種不穩的化合物。因此過量食用水果，會使人體缺銅，從而導致血液中膽固醇增高，長期這樣可能引起冠心病，因此不宜在短時間內進食水果過多。
吃完水果後，口腔內會有大量的唾液分泌，造成食物降解，而這個過程相對來說酸細菌會相對活躍起來，造成牙齒表面一次性的礦脫落。而在這個時候刷牙，會導致牙齒特別敏感、齲化。一般來說，吃完食物後5~10分鐘左右是刷牙的最佳時間。
水果是維生素C的主要來源，維生素C容易在空氣中氧化。英國消費者協會做過一項研究，測試在超市售賣的預先包裝的切開蔬果的維生素C含量，發現13個樣本中，4個樣本的維生素C含量比參考書記載的維生素C含量低一半。
不要吃有腐爛部分的水果
腐爛水果會產生對人有致癌、致畸等毒害作用的毒素，有的可引起腦及中樞神經系統的損害。在距離腐爛部分一釐米的正常水果圈裏，仍可檢出毒素，所以最好吃新鮮水果。如果發現果體有小塊腐爛，要用刀挖去腐爛及周圍至少超過1釐米的好果肉部分，如果腐爛超過1/3，請不要食用。
因菜刀常接觸肉、魚、蔬菜，一些生肉裏面可能存在部分寄生蟲，如果將切肉的菜刀用於切水果就有可能使人感染寄生蟲病。所以切水果最好用水果刀，即使用菜刀也需要用熱水處理一下。
