可能是寶寶肚子有蛔蟲引起的消化不良，造成失眠、煩躁和夜間磨牙。另外，蟯蟲也會引起磨牙。蟯蟲平時寄生在人體的大腸內，寶寶入睡以後，蟯蟲會悄悄地爬到肛門口產卵，引起肛門瘙癢，使寶寶睡得不安穩，出現磨牙。
可能是寶寶晚上吃得太多可，增加胃腸道的負擔。入睡時，胃腸道里還積存着大量沒有被消化的食物，整個消化系統就不得不“加夜班”，連續工作，甚至連咀嚼肌也被動員起來，不由自主地收縮，引起磨牙。
由於體內鈣、磷代謝紊亂，會引起骨骼脫鈣，肌肉痠痛和植物神經紊亂，常常會出現多汗、夜驚、煩躁不安和夜間磨牙。
可能是白天受到了什麼刺激，導致神經系統過於興奮，也會出現夜間磨牙。另一個原因是壓力大，如不適應幼兒園生活、害怕班裏的某個小朋友、與父母或者家人爭吵等，都會令寶寶的精神緊張，導致寶寶晚上睡覺磨牙。此外，一些過度活躍的寶寶也會發生夜間磨牙。
牙齒排列不齊咀嚼肌用力過大或長期用一側牙咀嚼，以及牙齒咬合關係不好，發生顳下頜關節功能紊亂，也會引起夜間磨牙。而且，牙齒排列不整齊的寶寶，咀嚼肌的位置也往往不正常，晚上睡眠時，咀嚼肌常常會無意識地收縮，引起磨牙。
如果寶寶睡覺時頭經常偏向一側，會造成咀嚼肌不協調，使受壓的一側咀嚼肌發生異常收縮，因而出現磨牙。寶寶晚上蒙着頭睡覺，由於二氧化碳過度積聚，氧氣供應不足，也會引起磨牙。
