胚胎在發育時，小腸可能就會出現結構上的問題，造成小腸閉鎖。而小腸閉鎖的範圍很廣泛：十二指腸、小腸、大腸等處都有閉鎖的可能性，甚至是無肛症，這些症狀在出生時就可診斷出，一兩天內就要進行治療。胚胎在發育時有某段時間，腸管是實心的，到了後期才逐漸開始中空化，成爲一個管腔。若實心的部分沒有被打通，就會形成腸道閉鎖，如果腸道出現破洞，則會成爲“腸穿孔”，使胎糞在胎兒腹部結成胎糞球，造成胎糞性腹膜炎。
而腸道閉鎖也可能導致“巨結腸症”，當小腸某一截開始沒有神經，腸道就不會有擴大、放鬆的功能，上面的腸道會脹大，此時有問題的是窄縮的部分，需要進行外科手術治療。所幸大部分的巨腸症都只是一小節沒有神經，其病徵表現是便祕，可是還能勉強排出，有時醫師用指診，肛門會有噴便的反應，在門診追蹤時多半都能診斷出來。新生兒喝奶之後通常都會排便，一天8～10次是正常現象，1個月之後次數會慢慢減少，而巨腸症患者通常在一開始就很少排便。
一般而言，現在的家庭都能自行診斷出疝氣，父母只需打開尿布觸摸下腹部靠近陰部的位置，若是患有疝氣，男寶寶的陰囊上方會有鼓起的硬塊，女寶寶則是觸摸大陰脣的上方。雖然疝氣好發於6個月～2歲的寶寶，但甚至九歲、十歲都可能患有疝氣。胚胎髮育時，有個稱爲圓韌帶的構造必須降下來，並且留下一個袋狀結構，在寶寶出生時應癒合，若沒有癒合就可能出現疝氣。數據資料顯示，約有10%的寶寶因癒合不佳而導致疝氣，而早產兒出現疝氣的比例遠比足月生產的寶寶要高。
3、腸套疊腸套疊也是新生兒的急症之一，嬰兒的盲腸不僅短小，而且會遊離、浮動，隨着寶寶不斷長大，纔會慢慢固定。但在嬰兒時期因爲會遊離，容易發生腸套疊，大部分是迴腸被擠進大腸中，加上寶寶容易受到病毒感染，例如輪狀病毒，感染後易導致淋巴腺腫大，使腸道蠕動不順，進而發生腸套疊的情況。腸套疊的發生率約1／300，當腸子卡住之後，寶寶會開始嘔吐，並且拒絕進食，若腸子壞死可能會休克，且嬰幼兒不耐脫水，兩天就會死亡。
由於腸道的血液循環被卡住而缺氧，會開始壞死，進而潰瘍、出血。而腸套疊發展到後期易造成血便，早期的血便看起來比較像藍莓醬，容易被誤診爲細菌性腸炎。一般而言，發生腸套疊約6個小時，腸子幾乎就會壞死。如果寶寶表現出一陣一陣的哭鬧、解血便，即可能爲腸套疊，但有時候是尚未排便，此時醫師會進行灌腸，觀察排便情況。若早期發現，腸道沒有卡很緊，也沒出現壞死，就會先使用鋇劑（平時用於上、下胃腸道攝影），以灌腸的方式，嘗試將腸道推回去。若是無法灌通就必須開刀治療，而現今都使用腹腔鏡，使侵入性手術的傷害降至最低。
腹股溝疝氣與腸套疊的表現方式相近，寶寶會出現間歇性的哭鬧，進食後會嘔吐，吐完就沒有食慾。當腸道阻塞時，會有一股驅動力想要使其通過，就會造成一陣一陣的腸絞痛，使得寶寶出現間歇性哭鬧。一開始哭像是在撒嬌，哭累了就會睡，但會不斷在睡夢中醒來哭個5～10秒。家長若發現寶寶一陣一陣哭鬧，又摸到鼓起硬塊，可能罹患疝氣，若是沒有摸到硬塊即可能爲腸套疊。
中腸扭結被形容爲“隱形殺手”，終其一生都有可能發生，而發生中腸扭結的前提是“腸扭轉不良”。在胚胎髮育時，小腸本來在外面，會逐漸退回腹腔內，由於小腸的結構會被“回”字型的大腸包住，此時腸道須扭轉約270度，如果沒有轉好，就容易發生扭結。然而，腸扭轉不良不一定會發生中腸扭結，但如果發生扭轉，易使整個腸道壞死，或是變成短腸症。如果早期發現，可以在6小時內將腸道轉回來，有機會能夠恢復。
若及早發現有腸扭轉不良的現象，可以先進行預防性的手術，將兩邊的腸子推遠一點，使其間距變寬，降低中腸扭結的概率。由於腸道的問題會伴隨着嘔吐，當嬰幼兒發生中腸扭結、嘔吐，且又無法表達，很容易使腸道壞死。然而，在發生扭結前，會出現某些徵狀，例如：常常嘔吐，而嘔吐的量也相對較多，建議拍攝腹部X光片以確定腸道結構是否正常。而這樣的寶寶因爲經常嘔吐，進而會影響到營養的吸收，食慾也會不好，身形也會比較瘦小。
外傷也是常見的急症之一，由於嬰幼兒處於探索的階段，活動力旺盛，容易從高處跌落，可能造成頭部外傷等情況，此時可以看到外觀有瘀青或擦痕等。若媽咪發現孩子突然嗜睡，或活力明顯下降，出現嘔吐、抽筋等狀況就必須送急診。到院後醫師會先檢查生命跡象和意識，如果懷疑因撞擊導致腦部有些受損，例如硬腦膜下出血等問題，會住院觀察，或經由外科醫師評估是否需要進行手術。
從平時護理做出區分預防勝於治療，帶寶寶回診、施打預防針時可以諮詢醫師，是否有先天性構造上的問題，若醫師有發現異常也會主動提供相關信息給家長，再做進一步的檢查。家長也要多留意孩子的狀況，若發現孩子與平常相比，活力差、食慾差、異常哭鬧等，就需注意是否有急性傳染病，或是先天構造上的問題。
不要輕忽溢奶與吐奶，要從平常的護理中做出區分，一旦狀況不對就要送急診處理，也要注意是否出現間歇性哭鬧，1個月以上的嬰兒症狀較明顯，1個月以內的新生兒還不太有痛覺，雖然會吐膽汁，但不太會出現哭鬧等反應，因此必須多加註意。
不輕忽腸胃炎嬰幼兒另有兩項較少見的急症：腸胃炎與大腸穿孔，而腸穿孔的前身即爲腸胃炎。由於成人的大腸壁較厚實，通常不會因腹瀉造成大腸穿孔，但嬰兒的大腸壁較薄，一旦嚴重腹瀉就容易造成脫水，甚至休克死亡。一般而言，成人腸胃炎的治療方式只要空腹一兩餐，讓腸胃休息，隔日再進食即可。
但嬰兒空腹過久會脫水，只要稍微脫水，再加上腸壁較薄，有時候甚至還有細菌感染，影響到腸道的血液循環支配，使得某些部位不易獲得水分，更容易脫水發炎而穿孔。若嬰兒罹患腸胃炎，不建議直接空腹，可以少量多次補充電解水。一旦發生大腸穿孔，腹部會脹起來，兩三個小時內就要開刀修補。家長必須警覺，不能輕忽腸胃炎，也不能使寶寶發生脫水的情況。
