兒童性識別障礙指兒童對自身性別的認識、行爲表現與自己真實的解剖特徵相反。孩子以與其實際性別不同的身分表現出現於公衆場合，如男童穿着女裝，行爲愛好像女童，或否認自己身體具有男性的解剖特徵，硬說自己是女孩。
正常兒童在3歲左右即可識別自己是男是女。到三四歲時，則可正確識別玩具娃娃是女性還是男性。日常行爲具有明顯性別差異，如女孩喜歡玩洋娃娃，而男孩喜歡玩槍弄刀。有性識別障礙者，到了相應年齡仍不能識別自己的性身分或舉止行爲酷似異性。
按理說，看一個人是男是女，是在生物學基礎上看其生殖器的結構，然而社會因素對發育中的兒童性別身分的自我識別和認同影響極大。家庭環境在童年早期對兒童性特徵行爲的不同要求具有明顯影響，如讓男孩着女裝，鼓勵他斯文聽話，或從小生活在女孩兒叢中，慢慢地男孩認同自己爲女孩，到了青春期更顯示出性別認同的明顯障礙，如同性戀、異性裝扮癬和易性別痹等性心理變態。這類男孩心理上認爲自己是女的，會去愛另一個男性，或把自己打扮成女性出現在公衆場合，或者強烈要求通過手術變性。
這類情況重在預防，一旦形成，矯治困難，必須求助於性醫學專家。
