沙眼衣原體肺炎主要在新生兒及小嬰兒發病，由感染的母親直接傳染。
鸚鵡熱衣原體肺炎爲人通過接觸受感染的鳥類或吸入受其分泌物及糞便污染的塵埃而發生肺部感染。
肺炎衣原體通過呼吸道進入人體，在單核細胞內繁殖並釋放毒素，經血流播散至肺及全身組織。
衣原體過去曾歸屬立克次體，現分出成爲獨立一屬。衣原體寄生於宿主細胞內，但不同於病毒，它具有細胞壁，含有DNA和RNA。CT是6個月以下小嬰兒肺炎的主要病原之一，多由受感染的母親通過產道分娩而傳染。肺炎衣原體是20世紀80年代中期發現的一種新的衣原體生物種，是嚴格的人類病原體，不存在動物中間宿主，主要引起人類急性呼吸道感染，尤以肺炎多見，是5歲以上小兒及成人肺炎的病原之一。鸚鵡熱衣原體主要寄生於鸚鵡及其禽類和低等哺乳動物體內，人通過與禽類接觸或吸入鳥糞或被分泌物污染的羽毛而得病，罕見有人與人之間傳播。肺炎衣原體主要通過呼吸道分泌物人與人之間傳播，對人類呼吸道肺炎衣原體感染的發病機制及病理改變尚不十分清楚。沙眼衣原體的感染途徑：
①胎兒通過母親產道時直接感染。
②眼部感染衣原體後通過鼻淚管侵入呼吸道。鸚鵡熱衣原體侵入呼吸道後經血侵入肝、脾等網狀內皮細胞。在單核、吞噬細胞內繁殖後，由血行播散到肺及其他器官，在肺內引起小葉性或間質性肺炎、細支氣管炎和支氣管上皮細胞脫屑和壞死。病變部位可產生實變和少量出血，肺間質有淋巴細胞浸潤，肺門淋巴結可腫大。肝臟可出現局部壞死，脾常腫大，心、腎、神經系統、消化系統等均可受累。
注意事項
1、小兒衣原體肺炎可散發，可流行。潛伏期6～14天。
2、本病病程遷延，長達數週，但多可治癒，鸚鵡熱衣原體肺炎重症病死率高，但近年來應用有效抗生素治療後，病死率明顯下降。有作者經血清學調查發現肺炎衣原體感染與冠狀動脈粥樣硬化性心臟病之間有關聯，亦有人發現肺炎衣原體感染可引起哮喘或哮喘性支氣管炎，值得研究。
3、本病預後良好，但有報道患兒痊癒隨訪7～8年後，一部分兒童仍有呼吸道症狀如咳、喘和肺功能異常。
4、注意避免過度疲勞，感冒流行時少去公共場所。
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